Se cree que esta parroquia fue una de las fundadas por el rey Alfonso VI tras la Reconquista de Toledo. El templo presentaba un estado de ruina prácticamente total en el siglo XIV, a excepción de su torre, acometiéndose una restauración total sufragada por Don Gonzalo Ruíz de Toledo, Conde de Orgaz. Este personaje es clave en la historia de la iglesia, ya que es el protagonista principal de la obra del Greco que aquí se expone, “El Entierro del Señor de Orgaz”, y se encuentra enterrado en el templo.